旗舰是同盟水战的核心单位，想要摧毁它需要掌握特定战术。旗舰被击败后会导致同盟全体士气下降，因此保护己方旗舰和攻击敌方旗舰都是关键战略。旗舰只能通过行军指令移动，无法撤退，这给了我们攻击的机会。
组建一支高输出的主力部队是基础。推荐使用带有强力战法的武将组合，比如高爆发的兵刃伤害队伍或具备控制效果的谋略队伍。由于旗舰守军会自动恢复，必须确保一次性击败所有守军，否则攻击会前功尽弃。注意旗舰周围可能有敌方主力部队驻守，最好先清理周边敌人再集中火力攻击旗舰。
蒙冲、斗舰等高级舰船的中级和高级特性可以增强部队属性或提供特殊效果，比如提高行军速度或增加伤害。如果船坞等级够高，还能提升武将的水军适性，让B/C级适性的武将在水战中表现更好。确保部队携带的舰船不被摧毁，否则需要重新建造，耽误进攻时机。
旗舰无法移动时是最佳攻击时机，比如它正在驻扎或受到同盟秘策影响。部分战法可以削弱敌方防御或禁用被动效果，配合高爆发队伍能更快击破守军。如果旗舰守军被全灭，记得立刻撤离，避免被敌方援军反扑。摧毁旗舰后，敌方同盟会进入短暂士气低迷状态，这时候可以趁机扩大战果。
