这个阶段通常指击败了世纪之花或石巨人世界难度进一步提升，新的生物群落和更强大的敌怪接踵而至。这时候，单一的打法已经行不通了，你需要从心态上转变，准备好迎接一场结合了资源极限收集、高强度战斗和战略性准备的持久战。游戏的核心从生存下来变为武装到牙齿，去挑战那些象征着游戏顶点的存在。无论是为了获得毕业装备，还是直面月亮领主，后期的每一步都需要精打细算和充分准备。
装备的终极追求是后期游戏的主旋律。你需要根据自己选择的职业方向，去刷取对应的顶级武器、盔甲和饰品。战士职业在后期凭借高防御和强大的近战输出，可以作为团队可靠的肉盾；法师则依靠各种毁天灭地的魔法进行远程轰炸；射手拥有极高的敏捷和灵活的走位，能持续进行远程物理打击；而召唤师则可以指挥强大的仆从大军。每个职业的顶级装备获取路径都不同，可能需要反复挑战特定的BOSS或事件，比如火星暴乱、南瓜月或霜月，以收集关键的合成材料。这个过程本身就是一个巨大的挑战，但集齐一套毕业装备所带来的战力飞跃是无可比拟的。
工欲善其事，必先利其器，一个功能完备的基地和战斗场地至关重要。后期许多BOSS战都需要特定的环境来最大化你的优势。搭建一个多层次、铺设有沥青块或冰块的超长平台，能为你在移动战中提供极大的机动性。利用游戏内的电路系统，你可以制造自动门、陷阱、生命值传感器等自动化装置，甚至可以建造一个带有护士房间和传送器连接的安全屋，在战斗危急时刻快速传送回血。这些建造不仅仅是功能性的，也可以极具艺术性，许多玩家在通关后将大量精力投入创意建造中，用各种物块和油漆打造惊人的景观。
挑战那些隐藏的、可选的高难度内容，能真正测试你后期构筑的强度。除了主线流程的BOSS，像猪龙鱼公爵、光之女皇这样的隐藏BOSS拥有极其复杂的攻击模式和恐怖的伤害。应对它们，你需要针对性调整配装、准备大量的增益药水，并可能在战斗场地中预置心形雕像等回血装置。游戏中的入侵事件，如火星暴乱，也需要你构建有效的防御工事来应对潮水般的敌人。这些超常规的挑战不仅奖励独一无二的珍稀物品，也是对你战术理解和操作水平的终极考验。
