指挥官的核心获得途径是通过推进并完成特定的主线剧情任务，这是解锁指挥官控制权与相关功能的唯一方法。解锁指挥官的第一步是完成名为第二场梦的系列任务，该任务是游戏剧情的关键转折点，通关后玩家将初步接触指挥官的存在，此时可以按键盘上的数字键5键尝试将指挥官召唤出来，但这一阶段的指挥官能力非常基础，只能在战甲旁边进行有限的活动。完成第二场梦还会解锁专精系统的入口，这是指挥官后期能力成长的核心。玩家必须紧接着完成内战任务，这个任务将进一步展开剧情，解释指挥官与战甲的关系，任务完成后指挥官将获得突破性的解放，可以从战甲中脱离并在地图中自由移动和进行基础操作。
在完成内战任务之前，指挥官的使用受到限制，每次进入任务需要等待传识能量条旁的圆形能量充满后才能长按5键使用指挥官技能，这是一种类似灵魂出窍的基础状态。而在成功完成内战任务后，指挥官便进入了半解放状态，此时按5键可以立即切换出指挥官，其移动方式与战甲类似，可以使用WASD移动和跳跃，但此时仍缺乏如虚空冲刺等核心战斗技能，也无法使用增幅器作为武器。
为了完全解锁指挥官的所有战斗潜能并自定义其外观，玩家需要前往飞船内部的传识之间，通过与房间中的活体连接器装置互动，或者在ESC菜单的指挥官选项中进行设定。在此处，玩家可以为指挥官选择不同的专精学派，并通过积累专精点数来解锁和升级强大的虚空技能。指挥官专属的武器增幅器需要通过提升平原（如夜灵平原地带的夜羽集团）的声望来获取部件蓝图并制作，不同部件组合的增幅器适用于不同的战斗场景。
