水路作战是游戏的重要玩法之一。当主城达到8级时，可以建造水寨解锁水路功能，利用水寨对船只进行改装，具体有提高水上速度、水军适性、伤害以及兵力恢复等不同效果，需要消耗战法点根据需求进行改装。改装分为行军、增益和作战三类，例如神行增加移动速度，强攻提升伤害输出，玩家需要根据实际场景灵活切换。
水域地图占比超过30%，从出生州到资源州都有水路贯穿，中心区域水域覆盖面更大。水路将三大资源州和中心州串联起来，是战略要点的必经之路。水上作战无需铺路，可直接开船攻打水上资源地或营地，占领后能快速迁移主城。水域中分布大量水上营地，占领后能作为临时集结点，极大增强水战机动性。
武将水军适性直接影响水上作战能力。通过水寨中的武将操练功能，可提升武将水军适性，即使原本适性最低的武将也能提高到S级。适性越高，水上战斗时获得的属性增益越大。建议优先培养吴国武将，如陆逊、周瑜等，他们天生具备较高水军适性。同时注意搭配战法，如焚舟提升伤害，渡江获得隐身和先攻效果。
焚舟指令可提升伤害但会增加伤兵损失，适合攻坚作战；渡江指令消耗体力获得隐身和先攻，适合突袭；接舷指令能跳过战平时间，适合持久战；巡航指令可挂机驻守。需要根据战况合理选择指令，例如行军时用神行，交战时切强攻。水上还能建造箭塔、拒马等工事构建防线。洼地在雨天会变为淹地，功能等同于水路，但会降低城池防御能力。需要密切关注晴雨变化，合理规划行军路线和作战时机。水域中的资源地产出不受天气影响，但行军速度会因风向风力产生变化，可利用风向实施火攻等战术。
