摧毁一个文明是游戏内达成征服胜利的核心目标，这通常需要通过军事手段系统地攻占并保留或消灭其所有城市。军事征服的关键在于组建一支具有针对性的部队，优先研发畜牧业以获取马匹资源，生产高机动性的轻骑兵单位可以在敌方城市防御薄弱时实现快速突袭。当城市建立城墙后，则需要转为使用攻城塔、投石车等专业攻城器械来削弱城防，并由近战单位完成最终的占领动作。在围攻城市时，实施围城战术以切断其补给线至关重要，这能阻止城市在回合间恢复生命值。选择合适的文明进行征服也影响效率，例如拥有单位升级后仍可行动特性的文明，在持续作战中会表现更为优异。
成功攻占城市后，玩家将面临如何处理该城市的决策。对于非原始首都的城市，在占领当回合可以直接选择夷为平地选项将其彻底摧毁。这一操作会永久移除该城市及其所有建筑与人口，并可能对玩家与其他文明的外交关系产生负面影响。如果选择保留城市，则需要立即应对其忠诚度压力，防止城市在数回合后因忠诚度过低而叛变为自由城市。委派总督进驻是稳定局面的有效方法之一，也可以通过外交谈判让原文明所有者将其割让给你以巩固所有权。若城市地理位置或规划不理想，玩家亦可选择将其交易给其他文明。
需要文明的原始首都在游戏机制中具有特殊地位。根据基础游戏规则，玩家在占领敌方原始首都后，界面中通常不会出现夷为平地的选项，这意味着你只能选择保留它。原始首都被占领会严重削弱该文明的实力，是征服胜利的关键步骤，但玩家无法像对待普通城市一样将其直接摧毁。此设计是为了确保游戏目标的明确性，并增加战略上的考量。
除了正面军事征服，玩家还可以尝试一些特殊的或间接的方式来达成文明毁灭的目的。在特定游戏模式下存在极端方式，在开启天启模式后，游戏后期可能出现的彗星灾难会随机摧毁城市，这其中也可能包括敌方首都。另一种理论上可行但效率极低的思路是利用蛮族营地，在清理其第一波单位后保留营地，蛮族会持续生成部队攻击附近城市，但这方法不确定性极高且难以精准控制。
