失落的方舟幽灵船固定出没于三大危险海域，分别对应不同装等要求，460至630装等的梦魇幽灵船位于洛恒戴尔东北部海域，960装等的暗影幽灵船出现在费顿东部海域，1370装等的暴风幽灵船则在帕普妮卡东南部海域，玩家可通过游戏内普罗提温指南针查看活动刷新时间，每周仅能参与一次并获取奖励。
参与幽灵船挑战前，需先在艾芙娜委托处接取名为阴森的夜雾的前置任务，完成任务激活后才能正常获取奖励。幽灵船为限时刷新活动，建议在刷新前1至2分钟抵达目标海域，避免过早进入危险海域导致船只耐久持续损耗，无法登船。抵达对应海域后，靠近幽灵船并触发交互即可登船，登船后全场会持续存在幽灵的恐惧debuff，会降低玩家移动速度与攻击速度，高等级幽灵船的debuff效果更为显著，可配置亡灵抗性船员或专属船员贝勒德来减免该负面效果。
登船后首先清理甲板区域的小怪与精英怪，清理完毕后幽灵船boss会在场地中央刷新。boss战斗需重点规避三大核心技能，当boss脚下出现黄色光圈时，需观察圈内是否存在安全区域，实心黄圈需立即远离，环形黄圈则站入中间安全区输出。boss会随机在周围释放蓝色范围区域，短暂延迟后爆炸并造成高额伤害与恐惧控制，需提前远离蓝色区域。当boss血量降至半血以下，会瞬移至场地中央释放顺时针旋转的激光射线，该技能为秒杀机制，需紧跟激光间隙顺时针移动躲避。战斗中建议保持团队分散站位，避免技能连锁命中，复活需等待激光等大范围技能结束后再使用，防止重复倒地。
不同等级幽灵船奖励存在差异，低等级幽灵船掉落绿色、蓝色品质船员与基础强化材料，高等级幽灵船可产出紫色、橙色稀有船员、高阶能力石、稀有刻印书以及伊利亚坎等珍贵道具。完成幽灵船挑战可同步推进埃伯恩的伤口任务声望，累计完成12次可解锁专属幽灵船埃伯恩的伤口，该船只自带亡灵抗性与强力船员加成，大幅提升后续海上活动与幽灵船挑战的体验。
